Óvenju mikill gróður er við Mývatn. Birki (Betula pubescens) er mest áberandi að norðan og austanverðu en mýrlendi og engjar að vestan og sunnanverðu. Tjarnastör (Carex rostrata) myndar kraga umhverfis tjarnir en vetrarkvíðastör (Carex chordorrhiza) ríkir í mýrasundum milli hraunkolla (hróa) sem vaxnir eru hrísi (Betula nana), lyngi (krækiber, bláber, sortulyng) gulvíði (Salix phylicifolia) og birki.

Eyjar og hólmar, og einnig sumir staðir við vatnsbakkann eru vaxnir birki, víði og hvönn (Angelica archangelica), brennisóley (Ranunculus acris) og Mývatnsdrottningu (öðru nafni aronsvendi, Erysimum hieraciifolium). Eyjan Slútnes er þekkt fyrir mikinn og fallegan gróður.

Hólmar í Laxá eru vaxnir gulvíði, hvönn, hófsóley (Caltha palustris), brennisóley og blágresi (Geranium silvaticum). Skófir eru mjög áberandi, einkum hinar rauðgulu Xanthoria elegans og X. candelaria svo og maríugrös Cetraria nivalis og C. cucullata. Gulgræn skollakræða Alectoria ochroleuca litar kolla gervigíga og hraunkletta.

Í Mývatni eru tvær tegundir af mara (Myriophyllum), lónasóley (Ranunculus trichophyllus) og þráðnykra (Potamogeton filiformis). Mikill hluti Syðriflóa var áður fyrr þakinn grænþörungum (Cladophora og Aegagropila), sem rak gjarnan á land og myndaði hrannir á fjörum. Þessir grænþörungabreiða er nú að mestu horfin úr vatninu. Í júlí verður vatnið stundum grænlitt og ógegnsætt vegna blágrænna baktería.

Af öðrum algengum plöntum má  nefna loðvíði (Salix lanata), túnsúru (Rumex acetosa), músareyra (Cerastium alpinum), helluhnoðra (Sedum acre), engjarós (Potentilla palustris), gullmuru (P. crantzii); fjalldalafífil (Geum rivale), holtasóley (Dryas octopetala), maríuvönd (Gentiana campestris), dýragras (Gentiana nivalis), gullvönd (Gentiana aurea), blóðberg (Thymus praecox), lyfjagras (Pinguicula vulgaris), gulmöðru (Galium verum), hvítmöðru ( G. normanii), jakobsfífil (Erigeron borealis) og vallhumal (Achillea millefolium).

Botngróður í Mývatni

Mývatn er það grunnt að  gróður getur þrifist á öllum vatnsbotninum. Í Ytriflóa eru breiður af vatnamara, sem er sjaldgæfur utan Mývatns. Þar eru einnig samfelldar græður af þráðnykru og nokkuð af síkjamara og hjartanykru. Á lindasvæðunum á Bolum ber mest á lónasóley. Kort af botngróðri.

Í Syðriflóa eru grænþörungar mest áberandi. Þeir vaxa í litlum hnoðrum sem mynda nær samfellt teppi yfir botninn. Um tvær tegundir er að ræða, og er önnur þeirra svonefndur vatnaskúfur. Á tveimur blettum í vatninu vex hann upp í allstórar kúlur, allt að 10 cm í þvermál, og kallast hann þá kúluskítur, en mývetningar nefna allt skít sem kemur í net þeirra og er ekki fiskur. Á fjörunum vatnsins getur stundum að líta uppreknar kúlur á stærð við bláber, ýmist grænleitar eða brúnleitar og hlaupkenndar. Þetta eru slorpungar, en það er sérstök tegund blágrænna þörunga.

Hinn sýnilegi gróður í Mývatni er mikill, en sá ósýnilegi er mun þýðingarmeiri. Það eru kísilþörungarnir, sem eru meginundirstaða dýralífsins í vatninu, enda eru þeir óspart étnir af ýmsum botndýrum. Liðlega 50 tegundir eru þekktar úr vatninu og eru flestar þeirra botnlægar. Lang þýðingarmestar eru tegundir af ættkvíslinni Fragilaria og eru þær yfir 90 af hundraði allra kísilþörunga í vatninu. Kísilþörungarnir hafa utan um sig samloku úr gagnsæjum ópal, og er skelin hin mesta völundarsmíð, alsett örsmáum götum, göngum og rifum (mynd). Skelin eyðist ekki þótt þörungurinn deyi og mynda skeljarnar drjúgan hluta af botnseti vatnsins.

Kísilskeljarík setlög kallast nú kísilgúr, en nefndust áður barnamold, pétursmold eða mánamjólk. Alls hafa um 100 kísilþörungategundir fundist í barnamoldarlögunum í Mývatni. Kísilþörungaskelin hefur ákveðna eiginleika sem gera hana eftirsóknarverða í ýmiss konar iðnaði, og kísilgúrvinnsla úr Mývatni snýst um það að hreinsa lífræn efni og gosösku úr botnleðjunni svo að kísilþörungaskeljarnar verði einar eftir.

Svifgróður

,,Leirlos" eða blábakteríur í flæðarmálinu í Mývatni

Það fer varla framhjá neinum sem skyggnist ofan í Mývatn að vatnið er grænna tilsýndar en flest önnur vötn hér á landi. Stundum er vatnið ógegnsætt, – einna líkast grænmetissúpu. Þá segja Mývetningar að leirlos sé í vatninu. Ekki er það þó réttnefni því að hér eru á ferð sviflægar, ljóstillífandi bakteríur (oft kallaðir blágrænir þörungar eða blábakteríur). Nöfn þeirra á fræðimáli er Anabaena flos-aquae og A. circinalis. Verða þær yfirgnæfandi á miðju sumri. Áraskipti eru að leirlosinu. Í miklum leirlosárum getur á kyrrum sólbjörtum dögum myndast brák ofan á vatninu. Ýmsar svifþörungategundir koma fyrir í vatninu, einkum kísilþörungar og gullþörungar. Anabaena hefur þá sérstöðu að geta bundið nitur, þ.e. tegundin getur nýtt sér venjulegt nitur eins og það er í andrúmsloftinu. Þörungar, aftur á móti eru háðir flóknari og sjaldgæfari nitursamböndum. Anabaena er því í sérstaklega góðri aðstöðu miðsumars þegar slík efnasambönd hafa gengið til þurrðar í vatninu, og myndast þá leirlos. Leirlosið byrgir sólarljósið og getur því haft áhrif á vöxt og viðgang botngróðurs í Mývatni. Mikið af leirlosinu berst niður í Laxá og hefur afgerandi áhrif á lífríki árinnar (sjá síðar).

Gera má ráð fyrir að drjúgur hluti plöntusvifsins botnfalli fyrr eða síðar og komi botndýrunum til góða. Þó er urmull svifdýra í Mývatni sem nýtir plöntusvifið eða bakteríur í vatninu.