Í gildi er samningur milli rannsóknastöðvarinnar og  Háskóla Íslands um gagnkvæma aðstöðu. Starfsmaður stöðvarinnar hefur skrifstofu- og rannsóknaaðstöðu í húsnæði Líf- og umhverfisvísindadeildar HÍ og gegnir stöðu gestaprófessors við deildina, en starfsmenn Háskólans nýta vinnu- og gistiaðstöðuna á Skútustöðum. HÍ og RAMÝ hafa nána samvinnu um rannsóknir á fuglum og mýi. Einn doktorsnemi í jarðfræði við HÍ hefur aðstöðu hjá RAMÝ, Ulf Hauptfleisch. Samningar hafa einnig verið gerðir við Hólaskóla og Náttúrustofu Norðausturlands. Samvinna er einnig við Veiðimálastofnun um vöktun á silungi í Mývatni, og annast sú stofnun ráðgjöf til Veiðifélags Mývatns. Veðurstofan rekur sjálfvirka veðurstöð að Syðri Neslöndum við Mývatn. Einnig rekur Veðurstofan athugunarstöð í Reykjahlíð og sólskinsmæli í Haganesi. Orkustofnun annast vatnamælingar á svæðinu. Jarðvísindastofnun Háskólans hefur unnið að efnamælingum í lindum við Mývatn undir stjórn Sigurðar Reynis Gíslasonar og Eydísar Salóme Eiríksdóttur. Samvinna var við Fornleifastofnun Íslands, Oslóarháskóla (Christian Keller), INSTAAR (Institute of Arctic and Alpine Research, Colorado) (Astrid Ogilvie) og City University of New York (Thomas McGovern og Sophia Perdikaris) og Edinborgarháskóla (Andy Dugmore og Anthony Newton) um rannsóknir á minjum á svæðinu. Einnig er samvinna við Anthony Ragnar Ives og fleiri frá Háskólanum í Wisconsin, Bandaríkjunum og Vincent Jansen við Háskólann í London Royal Holloway um rannsóknir á stofnsveiflum í rykmýi í Mývatni. Þá er samvinna við Glasgow University  (Philippa Ascough) um mælingar á stöðugum ísótópum í fæðuvef Mývatns og við breskan hóp fornvistfræðinga frá háskólunum í Durham (Mike Church) og Leeds (Ian Lawson og Katherine H. Roucoux) um rannsóknir á fornum kolagröfum.  Verkefnið um fornvistfræði Mývatn byggir á samvinnu við háskólann í Árósum (Erik Jeppesen og Bent Odgaard), University College í London (Helen Bennion) og University of Regina, Kanada (Peter Leavitt). Loks má geta samvinnu við japanska vísindamenn frá Lake Akan Ecomuseum Center (einkum Isamu Wakana) um rannsóknir á kúluskít í Mývatni og Takkobu-vatni í Japan og samvinnu við Fuglasafn Sigurgeirs um fuglaathuganir á Mývatni.